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Bei der Planung der Größe des Friedhofsgeländes wurde angesichts des starken städtischen Wachstums und der damaligen Ausdehnung des Kaisertums Österreich davon ausgegangen, dass sich die Haupt- und Residenzstadt Wien bis zum Ende des 20. Jahrhunderts zu einer Metropole mit rund vier Millionen Einwohnern entwickeln würde. Auf der Suche nach einem geeigneten Areal kamen Grundstücke in Kaiserebersdorf, Rannersdorf, Himberg, Pellendorf und Gutenhof in die engere Auswahl. Aufgrund einer vom Wiener Gemeinderat bei der k.k. geologischen Reichsanstalt in Auftrag gegebenen Studie wurde die Auswahl auf die Grundstücke in Kaiserebersdorf und Rannersdorf eingeengt, da diese beiden Gebiete über eine für einen Friedhof ideale Bodenbeschaffenheit und ebene Lage verfügen. Der Geologe Dionýs Stur verwies in dieser Studie auf die günstigen Eigenschaften des dort vorhandenen Lössbodens, der den Verwesungsprozess von Leichen im Vergleich zu anderen Bodenarten beschleunige und die Gefahr der „Ausbreitung und Verschleppung epidemischer Krankheiten aus dem Friedhof“ verringere. Ferner wurde darauf hingewiesen, dass Lössboden bequem zu bearbeiten, somit der Aushub von Gräbern schneller durchführbar sei und überdies eine geringere Einsturzgefahr der Grabwände bestehe.

Die Entscheidung fiel letztlich zugunsten Kaiserebersdorfs. 1869 wurde vom Gemeinderat der Erwerb eines Grundstücks in Kaiserebersdorf und zweier kleiner Gründe in Simmering genehmigt. 1870 wurde ein Wettbewerb für den Entwurf des Friedhofs ausgeschrieben. Der Entwurf des Frankfurter Architektenteams Karl Jonas Mylius und Alfred Friedrich Bluntschli überzeugte die Jury, und nach nur drei Jahren Bauzeit (1871 bis 1874) war Wiens neue „Totenstadt“ errichtet.[3] Allerdings musste bereits 1872 der Sankt Marxer Friedhof für weitere Beerdigungen gesperrt werden, und auch auf den anderen communalen Friedhöfen wurde der Platz knapp, weshalb schon rund ein Jahr vor der Eröffnung ein Teil des Geländes als provisorischer Friedhof genutzt wurde.

Das ursprüngliche Areal ist ein unregelmäßiges Fünfeck zwischen der Simmeringer Hauptstraße im Nordosten und (im Uhrzeigersinn) der Kleingartenanlage Bei den Awaren, der Aspangbahn, der sie begleitenden heutigen Mylius-Bluntschli-Straße im Südwesten und dem Weichseltalweg im Nordwesten. Ursprünglich hatte der Friedhof elf Tore, deren Nummerierung im Uhrzeigersinn an der Ecke Weichseltalweg/Simmeringer Hauptstraße beginnt. Der Haupteingang ist Tor 2. Von diesem Eingang aus, dessen Pylonen das verschlungene Liberty-Monogramm „GW“ (Gemeinde Wien) tragen, zielt eine Hauptachse nach Südwesten über die Alten Arkaden zur Friedhofskirche, die von den Neuen Arkaden flankiert wird, und jenseits der Kirche zu einem Naturgarten an der Mylius-Bluntschli-Straße. Links und rechts der Hauptachse entwickelt sich ein rechtwinklig gerasterter Plan, dem fünf diagonalen Alleen überlagert sind. Um die Friedhofskirche legt sich ein Alleen-Oval, das die Neuen Arkaden begleitet. Konzentrisch um dieses Oval bilden drei Halbkreis-Alleen zusammen im Grundriss eine Kreuzform, in deren Mitte später die Karl-Borromäus-Kirche erbaut wurde. Um den Friedhof attraktiver zu machen (siehe unten: Der ungeliebte Friedhof), schrieb die Gemeinde 1903 für seine bauliche Ausgestaltung einen Wettbewerb aus, den Max Hegele gewann. Hegele errichtete bis 1907 das Hauptportal (Tor 2) und die beiden Aufbahrungshallen, die das Eingangsareal zwischen Tor 2 und den Alten Arkaden flankieren. Die monumentale Anlage krönte Hegele 1908–1911 mit dem Bau der Karl-Borromäus-Kirche. Der Verwaltungsbau im Eingangsbereich beherbergt heute ein Café und den „Info-Point“.